ภายใต้แนวคิดที่สอดคล้องกับรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 และแนวทาง การบริหารจัดการน้ำแบบผสมผสานที่มุ่งเน้นการประสาน การพัฒนา และการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ ร่วมกับทรัพยากรอื่นที่เกี่ยวข้อง ด้วยการคำนึงถึงผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมเป็นสำคัญ เพื่อนำไปสู่ผลตอบแทนสูงสุดด้านเศรษฐกิจและสังคม คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติให้ความเห็นชอบเมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2543 ในการ จัดตั้งกรมทรัพยากรน้ำ ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 และตามกฎกระทรวงการแบ่งส่วนราชการ กรมทรัพยากรน้ำ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2545 กรมทรัพยากรน้ำ ในฐานะหน่วยงานหลักที่มีภารกิจหน้าที่ในด้านการเสนอแนะ การจัดทำ นโยบาย แผนและมาตรการที่เกี่ยวข้องกับทรัพยากรน้ำ รวมถึงการบริหารจัดการ การแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ ในระดับภาพรวมของประเทศและในระดับลุ่มน้ำ โดยได้ประยุกต์แนวคิดในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำแบบผสมผสาน (Integrated Water Resources Management: IWRM) มาดำเนินการ เพื่อแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น และได้จัดตั้งศูนย์ป้องกันวิกฤติน้ำ (Water Crisis Prevention Center) เพื่อทำหน้าที่ในการศึกษา วิเคราะห์ ติดตามและประมวลผลข้อมูลด้านภูมิศาสตร์กายภาพและอุตุ-อุทกวิทยา ตลอดจนการเตรียมความพร้อมรับสถานการณ์ภัยพิบัติทางน้ำ และการประสานงานกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง เพื่อบรรเทาและแก้ไขปัญหาสถานการณ์ภัยพิบัติทางน้ำของประเทศ