จัดตั้งขึ้นพร้อมกับกรมทรัพยากรน้ำ ตามผลการปฏิรูประบบราชการเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม 2545 มีหน้าที่ในการศึกษา
วิเคราะห์ เสนอแนะแนวทาง มาตรการ รวมทั้งประสานงาน ในการป้องกัน และแก้ไขวิกฤติน้ำ
โดยมีศูนย์เมขลา ซึ่งเป็นศูนย์ที่ตั้งขึ้นภายใต้โครงการที่ดำเนินการโดยศูนย์ป้องกันวิกฤติน้ำ เป็นศูนย์อำนวยการติดตามและแก้ไขปัญหาอุทกภัย ที่มีการนำเทคโนโลยีที่ทันสมัยมาใช้ เพื่อการติดตามและคาดการณ์สถานการณ์น้ำ ทั้งน้ำท่วม น้ำแล้งและมลพิษทางน้ำ
ปัจจุบันศูนย์ป้องกันวิกฤติน้ำ ตั้งอยู่เลขที่ 180/3 อาคารกรมทรัพยากรน้ำ ถนนพระรามที่ 6 ซอย 34 แขวงพญาไท เขตพญาไท กรุงเทพมหานคร โทรศัพท์ 0 2271 6000 ต่อ 6407
ระบบส่งสัญญาณด้วยภาพจากกล้อง CCTV ที่อยู่ภายใต้การดำเนินงานของศูนย์ป้องกันวิกฤติน้ำ กรมทรัพยากรน้ำ ถูกติดตั้งอยู่กระจายทั่วภูมิภาคของประเทศไทย สามารถใช้ในการติดตามและเฝ้าระวังสถานการณ์น้ำแบบ Realtime ได้ตลอด 24 ชม.